Por una votación unánime los integrantes de la LXII Legislatura local, en el Congreso de Oaxaca, aprobaron la desparición de la figura de la Junta de Coordinación Política y el regreso de la figura de la Gran Comisión, misma que fue cesada con el fin del sexenio del ex gobernador de Oaxaca, Ulises Ruiz Ortiz y que presidió el priísta Herminio Cuevas Chávez, también ex edil de Nochixtlán.
En su última sesión como diputados, los 36 legisladores votaron y las fuerzas del Partido Revolucionario Institucional, Partido Acción Nacional, Partido de la Revolución Democrática, Partido del Trabajo, Movimiento Ciudadano, Partido Unidad Popular y Partido Social Democrata, dieron el visto bueno.
En 2010, a cuatro meses de que llegara el nuevo gobierno de Gabino Cué y se instalara la LXI Legislatura, la mayoría priista de la LX Legislatura (2007-2010) aprobó vía fast track el Decreto 1954 por "urgente y obvia resolución", en donde se establecían reformas a la Ley Orgánica del Congreso, entre ellas la creación de la Junta de Coordinación Política (JUCOPO) y se estableció que la fracción mayoritaria presidiera, además, que el Presidente de la Junta propusiera al Pleno del Congreso la designación del Oficial Mayor y del Tesorero.
La Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) declaró la invalidez del decreto 1954 en enero de 2011, mediante la acción de inconstitucionalidad 19/2010 promovida por los diputados integrantes de la Sexagésima Legislatura de Oaxaca.
La SCJN argumentó que la integración y competencia de la Junta de Coordinación Política violaba el sistema de gobernabilidad multilateral en el Congreso Legislativo, toda vez que pretendían modificar la Gran Comisión por otra denominada Junta de Coordinación Política con iguales atribuciones que no privilegiaba los consensos al interior del próximo Congreso, porque estaba conformada por mayoría priísta.
Al final, los diputados de ese entonces consiguieron que se conservara la figura con algunas modificaciones, las funciones de la Gran Comisión se pasaron al Presidente de la Junta de Coordinación Política (desde nombrar empleados hasta proponer el Tesorero y Oficial Mayor).
